join-paneというコマンドがあって、

: join-pane -s :<window番号>

とすると、今いるpaneに番号のwindowが入ってくる。

: join-pane -t :<window番号>

とすると、今いるpaneが番号のwindowに入っていく。

どちらも、番号の前に:を入れる必要があることに注意。

ちなみに、tmuxでコマンドを入力するには<prefix> :を入力する。

参考ページ